21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。 但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。 拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。 另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。
演员：矶部勉 山寺宏一 高岛雅罗 饭塚昭三 千叶繁 长谷川亚美 泽海阳子 石村知子 平野正人 坂口哲夫 大场真人 堀秀行 羽佐间道夫 大塚周夫 阪脩 绪方贤一 大塚明夫 京田尚子 石森达幸 藤井佳代子 神代知衣 曾我部和行 岛田敏 小野英昭 田中亮一 岸野幸正 佐藤佑晖 大泷进矢 卷岛直树 岩永哲哉 中村尚子 小林通孝 林勇 山田俊司 山本圭子 仲木隆司 中村秀利 福田信昭 江川央生 佐藤正治 佐藤蓝 长嶝高士 石川洋昭 喜多川拓郎 田中和实 园部启一 铃木胜美 盐屋浩三 河合义雄 峰敦子 大友洋子 巴菁子 斯
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